Применение НДС в рамках Таможенного союза регламентируется нормами Соглашения о принципах взимания косвенных налогов при экспорте и импорте товаров, выполнении работ, оказании услуг в Таможенном союзе от 25.01.2008 и Протокола о порядке взимания косвенных налогов при выполнении работ, оказании услуг в Таможенном союзе от 11.12.2009 (далее — Протокол).
На основании положений статей 2 и 3 Протокола взимание НДС при оказании услуг производится в государстве — члене Таможенного союза, территория которого признается местом реализации услуг, в соответствии с налоговым законодательством данного государства. При этом местом реализации транспортно-экспедиционных услуг, связанных с перевозкой или транспортировкой товаров, оказываемых налогоплательщиком государства — члена Таможенного союза, признается территория этого государства. В связи с этим местом реализации оказываемых российской организацией транспортно-экспедиционных услуг в отношении товаров, ввозимых на территорию Российской Федерации с территории государства — члена Таможенного союза автомобильным транспортом, признается территория Российской Федерации и налогообложение таких услуг осуществляется в соответствии с Налоговым кодексом Российской Федерации (далее — Налоговый кодекс).
Согласно подпункту 2.1 пункта 1 статьи 164 Налогового кодекса нулевая ставка НДС применяется в отношении транспортно-экспедиционных услуг, перечень которых установлен данным подпунктом, оказываемых российскими организациями на основании договора транспортной экспедиции при организации международных перевозок товаров, в том числе автомобильным транспортом, между пунктами отправления и назначения товаров, один из которых расположен на территории Российской Федерации, а другой за пределами территории Российской Федерации.
Таким образом, транспортно-экспедиционные услуги, предусмотренные подпунктом 2.1 пункта 1 статьи 164 Налогового кодекса, оказываемые российской организацией на основании договора транспортной экспедиции при организации международной перевозки товаров автомобильным транспортом от пункта отправления, расположенного на территории государства — члена Таможенного союза, до пункта назначения, расположенного на территории Российской Федерации, подлежат налогообложению НДС по ставке в размере 0 процентов независимо от количества перевозчиков, участвующих в оказании услуг по транспортировке товаров, и ставки налога, применяемой налогоплательщиками, оказывающими услуги по транспортировке.